На министров, руководителей ведомств и организаций, а также подчиненных им начальников секретных отделов и частей была возложена персональная ответственность за надлежащую постановку работы секретных отделов и частей, сохранность секретных сведений и документов, учет и прохождение их. Одним из каналов возможной утечки секретной информации могла быть и переписка атомных объектов с предприятиями и организациями по вопросам снабжения и обслуживания, а также с партийными комитетами различных уровней по вопросам основной деятельности, учета коммунистов и др. Для упорядочения переписки и обеспечения сохранения государственной тайны Секретариат ЦК ВКП(б) постановлением от 20 марта 1948 года «О порядке почтовой переписки местных парторганизаций с политорганами Вооруженных Сил» определил правила, которыми запрещалось в адресах указывать место расположения воинских частей, звания и командные должности лиц, которым адресована корреспонденция[87]. В 1948 году также были утверждены «Правила въезда и проживания на территории пограничной полосы и запретных зон». Это были одни из элементов контрразведывательных мероприятий по дезориентации противника и контролю за закрытыми территориями.
К февралю 1949 года работы по изготовлению компонентов атомной бомбы вступили в завершающую стадию. Преодолевая трудности и в тяжелейших условиях на комбинате № 817 под Челябинском коллектив радиохимического завода «Б» выдал на завод «В» плутония в количестве, достаточном для изготовления атомной бомбы, и начали выпускать плановую продукцию. О его количестве в то время не положено было знать не только работникам завода, но и руководителям всего комбината.
Чтобы не было путаницы в «старых» и «новых» наименованиях, 8 марта 1949 года Специальный комитет при СМ СССР рассмотрел вопрос «О правилах пользования новыми условными наименованиями, установленными для объектов Первого главного управления и для секретных терминов». На этом заседании для министерств и ведомств были утверждены проект инструкции о правилах ведения переписки и операций в связи с применением новых условных наименований объектов Первого главного управления и правилах пользования условными наименованиями, а для аппарата Первого главного управления – инструкции о порядке пользования условными наименованиями, присвоенными Первому главному управлению и подведомственным им объектам. Предписывалось разослать указанные инструкции для заинтересованных министерств и ведомств, министрам и руководителям ведомств по списку. Также в ведомства было разослано решение от 18 февраля 1949 года «О мерах обеспечения секретности объектов Первого главного управления при Совете Министров СССР»[88].
Вопросы ограничения и соблюдения секретности касались всех, независимо от званий и должностей. Так, 17 марта 1949 года научный руководитель КБ-11 и создатель конструкции первой советской атомной бомбы Ю. Б. Харитон обращается к Л. П. Берии за разрешением на допуск группы И. Е. Тамма (группа по созданию водородной бомбы) к материалам К. Фукса о сечениях ядерных реакций. В то же время было принято решение об охране ведущих научных работников. Еще в 1947 году по инициативе В. А. Махнева и Н. И. Павлова (в письме на имя Л. П. Берии)[89] была организована персональная охрана. Институт телохранителей, обычный для высших государственных чиновников, распространялся и на некоторых ученых. Первоначально охраняли И. В. Курчатова, Л. А. Арцимовича, И. К. Кикоина, Ю. Б. Харитона. Целью охраны было обеспечить безопасность ведущих ученых при их передвижении по городу и при выездах за пределы Москвы. Охрана осуществлялась сотрудниками МГБ СССР путем введения их в штаты Лаборатории № 2 и КБ-11 под видом личных секретарей (по два сотрудника на каждого). По некоторым данным, И. В. Сталин запретил научному руководству атомного проекта летать на самолетах во избежание всяких случайностей. В распоряжение Лаборатории № 2 был предоставлен специальный салон-вагон для выездов И. В. Курчатова, Л. А. Арцимовича и И. К. Кикоина на объекты ПГУ при СМ СССР, находящиеся вне Москвы. (Позднее такой же специальный вагон был выделен и КБ-11 для поездок Ю. Б. Харитона.) По сведениям историка В. Н. Кузнецова, для контроля за ведущими учеными и производственниками, занятыми на особо секретных работах, в 1947 году велось 35 специальных наблюдательных дел. Вопрос об охране ученых поднимался в 1949 и 1953 годах. Так, 18 марта 1949 года состоялось заседание Специального комитета при СМ СССР, на котором, наряду с другими, рассматривался вопрос «Об охране ведущих ученых». 26 марта 1949 года было принято постановление Совета Министров СССР № 1254-445сс/оп «Об охране и оперативно-чекистском обслуживании ведущих ученых, работающих в области атомной энергии». Министерству государственной безопасности было поручено организовать оперативно-чекистское обслуживание, а также охрану сотрудникам МГБ академика А. И. Алиханова, академика Н. Н. Семенова и члена-корреспондента А. П. Александрова. Штат сотрудников МГБ СССР, осуществляющих чекистское обслуживание и охрану, установлен в 9 человек, т. е. по 3 сотрудника МГБ на каждого. Также был увеличен штат охраны сотрудников МГБ, охраняющих академика И. В. Курчатова, членов-корреспондентов АН СССР Ю. Б. Харитона, И. К. Кикоина, Л. А. Арцимовича с двух до трех человек на каждого. МГБ СССР поручено персонально подобрать состав сотрудников МГБ СССР для выполнения данной задачи[90]. 16 декабря 1953 года на заседании Президиума ЦК КПСС рассмотрены и утверждены предложения В. А. Малышева и С. Н. Круглова об охране ведущих ученых и специалистов (протокол П44/18), и в результате было принято постановление Совета Министров СССР от 16 декабря 1953 года № 2959-127Зсс «Об охране ведущих ученых и специалистов, выполняющих задания Министерства среднего машиностроения». Были приняты предложения В. А. Малышева и С. Н. Круглова: «а) о возложении на Министерство внутренних дел СССР осуществления охраны академиков А. Д. Сахарова, Л. Д. Ландау, А. А. Бочвара и директора объекта «В» профессора Д. И. Блохинцева; б) о прикреплении к заместителям научного руководителя КБ-11 тт. Духову Н. Л., Щелкину К. И., Зельдовичу Я. Б. и к академикам Лаврентьеву М. А., Келдышу М. В. постоянных (по штатам Министерства среднего машиностроения) секретарей для сопровождения упомянутых работников во время их выездов в командировки и в отпуск[91].
18 апреля 1949 года состоялось заседание Специального комитета при Совете Министров СССР, на котором рассматривались вопросы «О мерах дальнейшего обеспечения секретности в работе Первого главного управления и институтов, лабораторий и учреждений, связанных с ним»[92]. Одной из задач, которые необходимо было решить, являлось хранение секретных документов и документации, накопившейся в процесс работы организаций и структур Первого главного управления. Надлежало продумать их дальнейшее хранение. И в связи с этим 27 мая 1949 года подписан приказ «Об организации архивов в системе Первого главного управления и порядке комплектования и хранения в архивах секретных